กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก เป็นส่วนราชการที่มีภารกิจสำคัญในการพัฒนาองค์ความรู้และการบริการเพื่อให้เป็นทางเลือกในการดูแลสุขภาพของประชาชน และดำเนินการขับเคลื่อนการแพทย์แผนไทย การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร ให้สามารถสร้างมูลค่าเพิ่มทางเศรษฐกิจมีกระบวนการจัดทำแผนยุทธศาสตร์แบบมุ่งผลสัมฤทธิ์ครบวงจร เพื่อรองรับการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว
โดยการมีส่วนร่วมของผู้บริหารกรมทุกระดับ รวมทั้งผู้รับบริการและผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย เพื่อให้มีการแปลงยุทธศาสตร์ไปปฏิบัติ ผ่านการจัดทำแผนปฏิบัติราชการ ระยะ 3 ปี (พ.ศ. 2563-2565) เพื่อเป็นกรอบการทำงานและถอดเป้าหมายเป็นแผนปฏิบัติราชการ ระยะ 1 ปี เป็นเครื่องมือการถ่ายทอดแผนยุทธศาสตร์สู่การปฏิบัติ มีระบบติดตามและประเมินผลผ่านเทคโนโลยีสารสนเทศที่ทันสมัย สามารถเรียกดูข้อมูลแบบ Real-time และนำมาปรับปรุงกระบวนงานและพัฒนางานได้อย่างมีประสิทธิภาพ หากมีสถานการณ์และมีการเปลี่ยนแปลงจากปัจจัยภายนอก กรมฯ มีมาตรการรองรับการเปลี่ยนแปลงและแผนบริหารธุรกิจอย่างต่อเนื่อง (Business Continuity Plan: EcP) เพื่อรองรับการดำเนินงานตามภารกิจให้สำเร็จลุล่วงตามเป้าหมายที่กำหนด